La lecture par séquençage

Le stockage d'information n'a d'intérêt que si l'on peut consulter les données stockées. Pour restituer celles que nous avons stockées sur notre brin d'ADN, il faut le séquencer.

Plusieurs méthode de séquençage existent, nous utilisons ici la méthode de Sanger. Celle-ci commence comme la PCR que nous avons expliquer précédemment. Si l'ADN avait été bicaténaire (double brin), on aurait commencer par une dénaturation, mais, encore une fois, l'ADN que nous avons synthétisé est sous forme de brin simple, cette étape peut donc être ignorer dans notre cas. On ajuste ensuite la température à 50°C pour opérer l'hybridation de l'amorce, comme dans la PCR.

Séquenceur

Mais cette fois-ci, un certain type de nucléotides modifiés est intégré au mélange réactionnel de manière à ce qu'ils arrêtent la polymérisation, ce sont les didésoxyribonucléotides (ddNTP). Chimiquement cette différence de propriété s’explique par le remplacement du groupe phosphate par un atome d’hydrogène. Celui-ci, n’ayant qu’une seul liaison covalente, ne peut pas se lier avec une autre nucléotide, ce qu’aurait fait un groupe phosphate. La synthèse du brin complémentaire s'arrête donc une fois qu'un ddNTP est utilisé. L’endroit où la synthèse s’arrête correspond au nucléotide complémentaire du didésoxyribonucléotide l'ayant arrêté. Il existe évidemment quatre ddNTP, chacun complémentaire à un nucléotide : le ddATP est complémentaire de la thymine, le ddTTP de l'adénine, le ddCTP de la guanine et le ddGTP de la cytosine. Pour séquencer notre brin d'ADN complètement, on recommence cette opération plusieurs fois et avec les quatre différents ddNTP. Une fois ce travail effectué, on place tous les fragments synthétisés, en les séparant selon le ddNTP avec lequel ils ont réagi, dans un gel qui va les ordonner du plus petit (synthèse arrêtée tôt) au plus grand (synthèse arrêtée tardivement). On peut alors lire la séquence de notre brin en suivant l'ordre du fragment du plus petit au plus grand, ce qui est relativement lent. D'autres techniques de séquençage sont cependant plus rapides et automatisées. A partir de la séquence, on peut relativement facilement revenir au code binaire pour récupérer nos données stockées.